1969年、井筒は正式にマギル大学教授となり、慶應義塾大学教授を退任。マギル大学がイスラーム学研究所テヘラン支部を開設したことに伴い、イランの首都テヘランに移住した。王立アカデミー教授を経て、1979年のイラン革命によって日本に帰国。井筒の著作はほとんど英文で書かれていたが、帰国後は日本語での著述活動に専念。1993年に自宅があった鎌倉で亡くなるまで、『イスラーム文化-その根柢にあるもの』などの著書を残した。
井筒が鎌倉の家に残した旧蔵書コレクションは、現在、慶應義塾大学三田メディアセンターに移管されている。その数は和漢書と洋書合わせて約1万冊、アラビア語の資料は約3700冊を数え、その中にはイラン国外でめったに見ることができないイラン石版本90点など非常に貴重な資料も含まれている。
慶應義塾大学文学部創設125年の2015年、文学部は西脇順三郎と井筒俊彦の師弟の名を冠した研究奨励賞を設置した。このうち「井筒俊彦学術賞」は、広大な学問分野と言語フィールドで不朽の実績を残した井筒の名にふさわしく哲学、倫理学、歴史学、民族学考古学、図書館・情報学、社会学、心理学、教育学、人間科学に及ぶ幅広いフィールドの新進気鋭の研究者に授与され、井筒俊彦のスピリットを受け継ぐ21世紀の碩学の誕生を応援している。