北里柴三郎博士は1853(嘉永5)年に現在の熊本県で生まれた。東京医学校(現・東京大学医学部)を卒業後、内務省衛生局に職を得る。1885(明治18)年、ドイツに官費留学。細菌学の第一人者、ローベルト・コッホに師事し、破傷風菌の純粋培養に世界で初めて成功し、破傷風菌の作る毒素とその抗毒素抗体を発見。その抗体を動物の体内で作らせて治療に使う「血清療法」を確立し、その名を世界にとどろかせた。1892(明治25)年に帰国。そして、北里博士が留学最終年に取り組んだ結核の研究成果を待ちわびていた内務省の一同は省内に伝染病研究所を設立するために国会への議案提出、予算編成等の準備を進めていた。当時、結核や伝染病の対策は急務であったが、国立研究所の設立には少なくとも2年は掛かるため、北里の上司であり、終生の後援者となった長与専齋が福澤先生に打開策を相談に行き、私立の伝染病研究所設立の案と援助の約束を得た。長与専齋は福澤先生と適塾以来の親友であった人物である。即座に福澤先生は芝公園内の所有地を提供し、私財を投じて私立伝染病研究所の設立を実現した。
2人の親交はこうして始まった。福澤先生57歳、北里博士40歳の時である。
伝染病研究所は1899(明治32)年に内務省管轄となる。北里博士の指揮監督下で年々隆盛したが、福澤先生は「政府の方針がいつ変わるかもしれないから」と研究資金を蓄えておくように助言。また、それ以前に芝白金の土地を提供し、日本初のサナトリウム(結核療養所)「土筆ヶ岡養生園」を設立させ、将来に備えさせた。福澤先生の危倶は的中した。1914(大正3)年、政府は突如、研究所の所管を文部省に移し、東京大学の傘下に入れるよう組織がえを図ったのだ。この強引な政策に反対し職を辞した北里博士は、心置きなく自らの研究に取り組むために北里研究所を開設。その開設資金は福澤先生の助言によって蓄財しておいた私財30万円だった。