大学付属医学専門部
昭和19(1944)年、太平洋戦争末期の戦局の拡大に伴う軍医需要の拡大と応召による臨床医の不足に応えるために、臨床医の短期養成機関として大学に付設。戦後の新学制では医学の専門学校は認められなかったため、昭和22年度から新人生徒の募集を取りやめ、在学生の卒業を待って廃止された。
獣医畜産専門学校
昭和19(1944)年に設置され、同24(1949)年に慶應義塾農業高等学校に転換。卒業生総数356名。
商工学校
明治38(1905)年に開設、昭和24(1949)年3月に廃校になるまで45年の歴史を有した。創立以来の卒業生総数は5873名。
商業学校
明治24(1891)年に夜学校として創立。新学制のもと、昭和23(1948)年に、60年近く続いた歴史の幕を閉じた。
工業学校
昭和19(1944)年、商工学校及び商業学校の生徒募集停止を受けて、昼夜二部制の工業学校として開設。同24(1949)年に廃止。
高等部
大正11(1922)年に専門部として発足、同14(1925)年に高等部に改称。以来、昭和19(1944)年に生徒募集を停止し、在校生の卒業を待って廃校となるまで、三年制の専門学校として存続。一貫教育を標榜する義塾内にあって、完成教育を実践するユニークな存在として知られていた。