福澤先生が逝去された翌年、明治35年の末頃から、本塾に大学院設置を求める気運が高まってきた。それまでは、どちらかといえば実社会で活躍する人材を多く世に送り出してきた義塾内に、大学とは様々な人材を社会に供給する教育機関であり、学者もまた養成すべきであるとの声が出始め、学生側からも幾度となく要望が提出された。当時、学生の出していた雑誌の社説「所謂学者のオーヴァー・プロダクションとは何ぞや」「学制改革論」から、当時の学生たちの大学院設置に対する熱意を知ることができる。こうした気運のなか、明治36年の評議員会では保留に終わったものの、明治39年の第7期第4回評議員会で再び大学院設置が議題にのぼり、ついに可決された。当時の鎌田塾長は「研究心を発掘すべし」(『慶應義塾学報』第101号・現在の『三田評論』)の中で、この大学院設置が福澤先生の遺志を継ぐものであり、官立学校に見られる弊風を廃して自由研究の気風を養成し、一意専心に学問研究に貢献する人物および豊富な知識と十分な素養を社会で生かせる人物を育成しなければならぬとその趣旨と理想を述べている。