論文
苙口 友隆
21~40件（全43件）
Classification and assessment of retrieved electron density maps in coherent X-ray diffraction imaging using multivariate analysis
- 著者名
- Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Synchrotron Radiation 開始ページ312 - 終了ページ323 (出版年（月日）2015年）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Classification of projection images of proteins with structural polymorphism by manifold; A simulation study for X-ray free-electron laser diffraction imaging
- 著者名
- Takashi Yoshidome, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Mitsunori Ikeguchi
- 掲載誌名
- 誌名Physical Review E 巻92(号3) 開始ページ032710 (出版年（月日）2015年09月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Cryogenic coherent X-ray diffraction imaging for biological non-crystalline particles using the KOTOBUKI-1 diffraction apparatus at SACLA
- 著者名
- Tomotaka Oroguchi, Yuki Sekiguchi, Amane Kobayashi, Yu Masaki, Asahi Fukuda, Saki Hashimoto, Masayoshi Nakasako, Yuichi Ichikawa, Hitoshi Kurumizaka, Mitsuhiro Shimizu, Yayoi Inui, Sachihiro Matsunaga, Takayuki Kato, Keiichi Namba, Keiichi Yamaguchi, Kazuo Kuwata, Hiroshi Kameda, Naoya Fukui, Yasushi Kawata, Takashi KameshimaYuki Takayama, Koji Yonekura, Masaki Yamamoto
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Physics B: Atomic Molecular and Optical Physics 巻48(号18) 開始ページ184003 (出版年（月日）2015年07月）
- 役割
- 筆頭著者
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Coherent X-ray diffraction imaging of chloroplasts from Cyanidioschyzon merolae by using X-ray free electron laser
- 著者名
- Yuki Takayama, Yayoi Inui Yuki Sekiguchi1, Amane Kobayashi, Tomotaka Oroguchi, Masaki Yamamoto, Sachihiro Matsunaga, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Plant Cell Physiology 巻56(号7) 開始ページ1272 - 終了ページ1287 (出版年（月日）2015年07月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Signal enhancement and Patterson-search phasing for high-spatial-resolution coherent X-ray diffraction imaging of biological objects
- 著者名
- Yuki Takayama, Saori Maki-Yonekura, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Koji Yonekura
- 掲載誌名
- 誌名Scientific Reports 開始ページ8074 (出版年（月日）2015年01月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Dark-field phase retrieval under the constraint of the Friedel symmetry in coherent X-ray diffraction imaging
- 著者名
- Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Optics Express 巻22(号23) 開始ページ27892 - 終了ページ27909 (出版年（月日）2014年11月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
IDATEN and G-SITENNO: GUI assisted software for coherent X-ray diffraction imaging experiments and data analyses at SACLA
- 著者名
- Yuki Sekiguchi, Masaki Yamamoto, Tomotaka Oroguchi, Yuki Takayama, Shigeyuki Suzuki, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Synchrotron Radiation 巻21(号6) 開始ページ1378 - 終了ページ1383 (出版年（月日）2014年11月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Single-shot three-dimensional structure determination of nanocrystals with femtosecond X-ray free electron laser pulses
- 著者名
- Rui Xu, Huaidong Jiang, Changyong Song, Jose A. Rodriguez, Zhifeng Huang, Chien-Chun Chen, Daewoong Nam, Jaehyun Park, Marcus Gallagher-Jones, Sangsoo Kim, Sunam Kim, Akihiro Suzuki, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Yukio Takahashi, Jiadong Fan, Yunfei Zou, Takaki Hatsui, Yuichi Inubushi, Takashi Kameshima, Koji Yonekura, Kensuke Tono, Tadashi Togashi,Takahiro Sato, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako, Makina Yabashi, Tetsuya Ishikawa, Jianwei Miao
- 掲載誌名
- 誌名Nature Communications 開始ページ4061 (出版年（月日）2014年06月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Data processing software suite SITENNO for coherent X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser SACLA
- 著者名
- Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Yuki Takayama, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Synchrotron Radiation 巻21(号3) 開始ページ600 - 終了ページ612 (出版年（月日）2014年03月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Light-induced conformational changes of LOV (Light Oxygen Voltage-sensing domain) 1 and LOV2 relative to the kinase domain and regulation of kinase activity in Chlamydomonas phototropin
- 著者名
- Koji Okajima, Yusuke Aihara, Yuki Takayama, Mihoko Nakajima, Sachiko Kashojiya, Takaaki Hikima, Tomotaka OroguchiAmane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Masaki Yamamoto, Tomomi Suzuki, Akira Nagatani, Masayoshi Nakasako, Satoru Tokutomi
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Biological Chemistry 巻289(号1) 開始ページ413 - 終了ページ422 (出版年（月日）2014年01月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Coherent Diffraction Imaging Analysis of Shape-Controlled Nanoparticles with Focused Hard X-ray Free-Electron Laser Pulses
- 著者名
- Yukio Takahashi, Akihiro Suzuki, Nobuyuki Zettsu, Tomotaka Oroguchi, Yuki Takayama, Yuki Sekiguchi, Amane Kobayashi, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Nano Letters 巻13(号12) 開始ページ6028 - 終了ページ6032 (出版年（月日）2013年12月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
KOTOBUKI-1 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging
- 著者名
- Masayoshi Nakasako, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Yuki Sekiguchi, Amane Kobayashi, Keiya Shirahama, Masaki Yamamoto, Takaaki Hikima, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Yoshiki Kohmura, Yuichi Inubushi, Yukio Takahashi , Akihiro Suzuki, Sachihiro Matsunaga, Yayoi Inui, Kensuke Tono, Takashi Kameshima, Yasumasa Joti, Takahiko Hoshi
- 掲載誌名
- 誌名Review of Scientific Instruments 巻84(号9) 開始ページ093705 (出版年（月日）2013年09月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Three-dimensional structure determination protocol for noncrystalline biomolecules using x-ray free electron laser diffraction imaging
- 著者名
- Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
- 掲載誌名
- 誌名Physical Review E 巻87(号2) 開始ページ022712 (出版年（月日）2013年02月）
- 役割
- 筆頭著者
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
MD-SAXS method with nonspherical boundaries
- 著者名
- Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi
- 掲載誌名
- 誌名Chemical Physics Letter 開始ページ117 - 終了ページ121 (出版年（月日）2012年07月）
- 役割
- 筆頭著者
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Towards the structural characterization of intrinsically disordered proteins by SAXS and MD simulation
- 著者名
- Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Physics: Conference Series 巻272(号1) 開始ページ012005 (出版年（月日）2011年）
- 役割
- 筆頭著者
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Fission yeast Swi5-Sfr1 protein complex, an activator of Rad51 recombinase, forms an extremely elongated dogleg-shaped structure
- 著者名
- Yoichi Kokabu, Yasuto Murayama, Naoyuki Kuwabara, Tomotaka Oroguchi, Hiroshi Hashimoto, Yasuhiro Tsutsui, Naohito Nozaki, Satoko Akashi, Satoru Unzai, Toshiyuki Shimizu, Hitoshi Iwasaki, Matmoru Sato, Mitsunori Ikeguchi
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Biological Chemistry 巻286(号50) 開始ページ43569 - 終了ページ43576 (出版年（月日）2011年12月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Mechanism of the conformational change of the F1-ATPase beta subunit revealed by free energy simulations
- 著者名
- Yoko Ito, Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi
- 掲載誌名
- 誌名Journal of American Chemical Society 巻133(号10) 開始ページ3372 - 終了ページ3380 (出版年（月日）2011年03月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Effects of ionic strength on SAXS data for proteins revealed by molecular dynamics simulations
- 著者名
- Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi
- 掲載誌名
- 誌名Journal of Chemical Physics 巻134(号2) 開始ページ025102 (出版年（月日）2011年01月）
- 役割
- 筆頭著者
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Structural and functional analysis of the intrinsic inhibitor subunit epsilon of F1-ATPase from photosynthetic organisms
- 著者名
- Hiromasa Yagi, Hiroki Konno, Tomoe Murakami-Fuse, Atsuko Isu, Tomotaka Oroguchi, Hideo Akutsu, Mitsunori Ikeguchi, Toru Hisabori
- 掲載誌名
- 誌名Biochemical Journal 巻425(号1) 開始ページ85 - 終了ページ94 (出版年（月日）2010年01月）
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り
Intrinsic dynamics of restriction endonuclease EcoO109I studied by molecular dynamics and X-ray scattering data analysis
- 著者名
- Tomotaka Oroguchi, Hiroshi Hashimoto, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Mitsunori Ikeguchi
- 掲載誌名
- 誌名Biophysical Journal 巻96(号7) 開始ページ2808 - 終了ページ2822 (出版年（月日）2009年04月）
- 役割
- 筆頭著者
- 共著区分
- 共著
- 掲載種別
- 研究論文（学術雑誌）
- 査読有無
- 有り