論文

苙口　友隆

1~20件（全43件）

Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation

著者名: Rintaro Inoue*, Tomotaka Oroguchi*, Takashi Oda*, Bela Farago, Anne Martel, Lionel Porcar, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama (*equally contributed)
掲載誌名: 誌名Physical Review Research 巻5(号4) 開始ページ043154 (出版年（月日）2023年12月）
役割: 筆頭著者
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

Common architectures in cyanobacteria Prochlorococcus cells visualized by X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser

著者名: Amane Kobayashi, Yuki Takayama, Takeshi Hirakawa, Koji Okajima, Mao Oide, Tomotaka Oroguchi, Yayoi Inui, Masaki Yamamoto, Sachihiro Matsunaga, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Scientific Reports 巻11(号1) 開始ページ3877 (出版年（月日）2021年12月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Domain organization in plant blue-light receptor phototropin2 of arabidopsis thaliana studied by small-angle x-ray scattering

著者名: Masayoshi Nakasako, Mao Oide, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Koji Okajima
掲載誌名: 誌名International journal of molecular sciences 巻21(号18) 開始ページ6638 (出版年（月日）2020年09月）
共著区分: 共著
査読有無: 有り

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Assessment of force field accuracy using cryogenic electron microscopy data of hyper-thermostable glutamate dehydrogenase

著者名: Tomotaka Oroguchi, Mao Oide, Taiki Wakabayashi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Journal of Physical Chemistry B 巻124(号39) 開始ページ8479 - 終了ページ8494 (出版年（月日）2020年10月）
役割: 筆頭著者責任著者
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Energy landscape of domain motion in glutamate dehydrogenase deduced from cryo-electron microscopy

著者名: Mao Oide, Takayuki Kato, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名FEBS Journal 巻287(号16) 開始ページ3472 - 終了ページ3493 (出版年（月日）2020年08月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Molecular shape under far-red light and red light-induced association of Arabidopsis phytochrome B

著者名: Mao Oide, Takaaki Hikima, Tomotaka Oroguchi, Takayuki Kato, Yuhki Yamaguchi, Shizue Yoshihara, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako, Koji Okajima
掲載誌名: 誌名FEBS Journal 巻287(号8) 開始ページ1612 - 終了ページ1625 (出版年（月日）2020年04月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Dipole-dipole interactions between tryptophan side chains and hydration water molecules dominate the observed dynamic Stokes shift of lysozyme

著者名: Asahi Fukuda, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 巻1864(号2) 開始ページ129406 (出版年（月日）2020年02月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments

著者名: Toru Ekimoto, Yuichi Kokabu, Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi
掲載誌名: 誌名Biophysics and physicobiology 開始ページ377 - 終了ページ390 (出版年（月日）2019年）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Diffraction apparatus and procedure in tomography X-ray diffraction imaging for biological cells at cryogenic temperature using synchrotron X-ray radiation

著者名: Amane Kobayashi, Yuki Takayama, Koji Okajima, Mao Oide, Takahiro Yamamoto, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Yoshiki Kohmura, Masaki Yamamoto, Takahiko Hoshi, Yasufumi Torizuka
掲載誌名: 誌名Journal of Synchrotron Radiation 巻25(号6) 開始ページ1803 - 終了ページ1818 (出版年（月日）2018年11月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Classification of ab initio models of proteins restored from small-angle X-ray scattering

著者名: Mao Oide, Yuki Sekiguchi, Asahi Fukuda, Koji Okajima, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Journal of Synchrotron Radiation 巻25(号5) 開始ページ1379 - 終了ページ1388 (出版年（月日）2018年09月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Growth of cuprous oxide particles in liguid-phase synthesis investigated by X-ray laser diffraction

著者名: Tomotaka Oroguchi, Takashi Yoshidome, Takahiro Yamamoto, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Nano Letters 巻18(号8) 開始ページ5192 - 終了ページ5197 (出版年（月日）2018年08月）
役割: 筆頭著者
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Shot-by-shot characterization of focused X-ray free electron laser pulses

著者名: Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Scientific Reports 巻8(号1) 開始ページ831 (出版年（月日）2018年12月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Blue light– excited LOV1 and LOV2 domains cooperatively regulate the kinase activity of full-length phototropin2 from arabidopsis

著者名: Mao Oide, Koji Okajima, Hirofumi Nakagami, Takayuki Kato, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Takaaki Hikima, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Journal of Biological Chemistry 巻293(号3) 開始ページ963 - 終了ページ972 (出版年（月日）2018年01月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Influences of lone-pair electrons on directionality of hydrogen bonds formed by hydrophilic amino acids side chains in molecular dynamics simulation

著者名: Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Scientific Reports 巻7(号1) 開始ページ15859 (出版年（月日）2017年12月）
役割: 筆頭著者
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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A protocol for searching most probable phase-retrieved maps in coherent X-ray diffraction imaging by exploiting relationship between convergence of retrieved phase and success of calculation

著者名: Yuki Sekiguchi, Saki Hashimoto, Amane Kobayashi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Journal of Synchrotron Radiation 巻24(号5) 開始ページ1024 - 終了ページ1038 (出版年（月日）2017年09月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Common structural features of toxic intermediates from alpha-synuclein and GroES fibrillogenesis detected using cryogenic coherent X-ray diffraction imaging

著者名: Hiroshi Kameda, Sayaka Usugi, Mana Kobayashi, Naoya Fukui, Seki Lee, Kunihiro Hongo, Tomohiro Mizobata, Yuki Sekiguchi, Yu Masaki, Amane Kobayashi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Yuki Takayama, Masaki Yamamoto, Yasushi Kawata
掲載誌名: 誌名Journal of Biochemistry 巻161(号1) 開始ページ55 - 終了ページ65 (出版年（月日）2017年01月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Blue-light-excited LOV2 triggers a rearrangement of the kinase domain to induce phosphorylation activity in Arabidopsis phototropin1

著者名: Mao Oide, Koji Okajima, Sachiko Kashojiya, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Takaaki Hikima, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Journal of Biological Chemistry 巻291(号38) 開始ページ19975 - 終了ページ19984 (出版年（月日）2016年09月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Specimen preparation for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological cells and cellular organelles by using X-ray free electron laser at SACLA

著者名: Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Koji Okajima, Asahi Fukuda, Mao Oide, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Journal of Synchrotron Radiation 巻23(号4) 開始ページ975 - 終了ページ989 (出版年（月日）2016年07月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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Changes in hydration structure are necessary for collective motions of a multi-domain protein

著者名: Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
掲載誌名: 誌名Scientific Reports 開始ページ26302 (出版年（月日）2016年03月）
役割: 筆頭著者
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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TAKASAGO-6 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological non-crystalline particles using X-ray free electron laser at SACLA

著者名: Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Keiya Shirahama, Yasufumi Torizuka, Masahiro Manoda, Masayoshi Nakasako, Masaki Yamamoto
掲載誌名: 誌名Review of Scientific Instruments 巻87(号5) 開始ページ053109 (出版年（月日）2016年03月）
共著区分: 共著
掲載種別: 研究論文（学術雑誌）
査読有無: 有り

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苙口　友隆の詳細

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苙口 友隆

Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation

Common architectures in cyanobacteria Prochlorococcus cells visualized by X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser

Domain organization in plant blue-light receptor phototropin2 of arabidopsis thaliana studied by small-angle x-ray scattering

Assessment of force field accuracy using cryogenic electron microscopy data of hyper-thermostable glutamate dehydrogenase

Energy landscape of domain motion in glutamate dehydrogenase deduced from cryo-electron microscopy

Molecular shape under far-red light and red light-induced association of Arabidopsis phytochrome B

Dipole-dipole interactions between tryptophan side chains and hydration water molecules dominate the observed dynamic Stokes shift of lysozyme

Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments

Diffraction apparatus and procedure in tomography X-ray diffraction imaging for biological cells at cryogenic temperature using synchrotron X-ray radiation

Classification of ab initio models of proteins restored from small-angle X-ray scattering

Growth of cuprous oxide particles in liguid-phase synthesis investigated by X-ray laser diffraction

Shot-by-shot characterization of focused X-ray free electron laser pulses

Blue light– excited LOV1 and LOV2 domains cooperatively regulate the kinase activity of full-length phototropin2 from arabidopsis

Influences of lone-pair electrons on directionality of hydrogen bonds formed by hydrophilic amino acids side chains in molecular dynamics simulation

A protocol for searching most probable phase-retrieved maps in coherent X-ray diffraction imaging by exploiting relationship between convergence of retrieved phase and success of calculation

Common structural features of toxic intermediates from alpha-synuclein and GroES fibrillogenesis detected using cryogenic coherent X-ray diffraction imaging

Blue-light-excited LOV2 triggers a rearrangement of the kinase domain to induce phosphorylation activity in Arabidopsis phototropin1

Specimen preparation for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological cells and cellular organelles by using X-ray free electron laser at SACLA

Changes in hydration structure are necessary for collective motions of a multi-domain protein

TAKASAGO-6 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological non-crystalline particles using X-ray free electron laser at SACLA

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