慶應義塾
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Tyr-317 phosphorylation increases shc structural rigidity and reduces coupling of domain motions remote from the phosphorylation site as revealed by molecular dynamics simulations

著者名
Suenaga A, Kiyatkin AB, Hatakeyama M, Futatsugi N, Okimoto N, Hirano Y, Narumi T, Kawai A, Susukita R, Koishi T, Furusawa H, Yasuoka K, Takada N, Ohno Y, Taiji M, Ebisuzaki T, Hoek JB, Konagaya A, Kholodenko BN
掲載誌名
誌名Journal of Biological Chemistry 開始ページ4657-4662 (出版年(月日)2004年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular Dynamics Simulations of Prion Proteins - Effect of Ala117->Val mutation -

著者名
Okimoto N, Yamanaka K, Suenaga A, Hirano Y, Futatsugi N, Narumi T, Yasuoka K, Susukita R, Koishi T, Furusawa H, Kawai A, Hata M, Hoshino T, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Chem-Bio Informatics Journal 巻3(号1) 開始ページ1-11 (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Structure of cold nuclear matter at subnuclear densities by quantum molecular dyna

著者名
Watanabe G, Sato K, Yasuoka K, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Physical Review C 開始ページ035806 (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Large scale molecular dynamics simulation of nucleation in supercooled NaCl

著者名
Koishi T, Yasuoka K, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Journal of Chemical Physics 開始ページ11298-11305 (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Hardware accelerator for molecular dynamics: MDGRAPE-2

著者名
Susukita R, Ebisuzaki T, Elmegreen BG, Furusawa H, Kato K, Kawai A, Kobayashi Y, Koishi T, McNiven GD, Narumi T, Yasuoka K
掲載誌名
誌名Computer Physics Communications 開始ページ115-131 (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular dynamics study on class A beta-lactamase: Hydrogen bond network among the functional groups of penicillin G and side chains of the conserved residues in the active site

著者名
Fujii Y, Okimoto N, Hata M, Narumi T, Yasuoka K, Susukita R, Suenaga A, Futatsugi N, Koishi T, Furusawa H, Kawai A, Ebisuzaki T, Neya S, Hoshino T
掲載誌名
誌名Journal of Physical Chemistry B 開始ページ10274-10283 (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Statistical study of clathrate-hydrate nucleation in a water/hydrochlorofluorocarbon system: Search for the nature of the "memory effect"

著者名
Ohmura R, Ogawa M, Yasuoka K, Mori YH
掲載誌名
誌名Journal of Physical Chemistry B 開始ページ5289-5293 (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Microscopic study of nuclear "pasta": Quantum molecular dynamics approach

著者名
Watanabe G, Sato K, Yasuoka K, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Nuclear Physics A 開始ページ700C-702C (出版年(月日)2003年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Microscopic study of nuclear "pasta" by quantum molecular dynamics

著者名
Watanabe G, Sato K, Yasuoka K, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Progress of Theoretical Physics Supplement 開始ページ638-639 (出版年(月日)2002年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular dynamics study of the solidification process in alkali halide cluster

著者名
Koishi T, Yasuoka K, Narumi T, Susukita R, Furusawa H, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Journal of Non-Crystalline Solids 開始ページ332-336 (出版年(月日)2002年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Numerical simulations of magnetic materials with MD-GRAPE: curvature induced anisotropy

著者名
Elmegreen BG, Koch R, Yasuoka K, Furusawa H, Narumi T, Susukita R, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Journal of Magnetism and Magnetic Materials 開始ページ39-48 (出版年(月日)2002年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Microscopic study of slablike and rodlike nuclei: Quantum molecular dynamics approach

著者名
Watanabe G, Sato K, Yasuoka K, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Physical Review C 開始ページ012801 (出版年(月日)2002年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

MD simulation of cluster-surface impacts for metallic phases: soft landing, droplet spreading and implantation

著者名
Kholmurodov K, Puzynin I, Smith W, Yasuoka K, Ebisuzaki T
掲載誌名
誌名Computer Physics Communications 開始ページ1-16 (出版年(月日)2001年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular dynamics simulation of supersaturated vapor nucleation in slit pore. II. Thermostatted atomic-wall model

著者名
Kholmurodov KT, Yasuoka K, Zeng XC
掲載誌名
誌名Journal of Chemical Physics 開始ページ9578-9584 (出版年(月日)2001年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular dynamics simulation of dissociation process for methane hydrate

著者名
K. Yasuoka and S. Murakoshi
掲載誌名
誌名Annals of the New York Academy of Sciences 開始ページ678-684 (出版年(月日)2000年)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
無し

Molecular Processes of Cluster Formation in Supersaturated Vapor

著者名
M. Matsumoto, K. Yasuoka, and K. Ohguchi
掲載誌名
誌名Thermal Science & Engineering 開始ページ75-80 (出版年(月日)1999年11月)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Computer Simulation of Fluid Phase Change: Vapor Nucleation and Bubble Formation Dynamics,

著者名
金城友之、大口晃司、泰岡顕治、松本充弘
掲載誌名
誌名Computational Materials Science 開始ページ138-141 (出版年(月日)1999年02月)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular Dynamics of Homogeneous Nucleation in the Vapor Phase II. Water

著者名
泰岡顕治、松本充弘
掲載誌名
誌名Journal of Chemical Physics 開始ページ8463-8470 (出版年(月日)1998年11月)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular Dynamics of Homogeneous Nucleation in the Vapor Phase I. Lennard-Jones Fluid

著者名
泰岡顕治、松本充弘
掲載誌名
誌名Journal of Chemical Physics 開始ページ8451-8462 (出版年(月日)1998年11月)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り

Molecular Dynamics Simulations of the Homogeneous Nucleation of UF6 and SF6 Molecules: Effects of the Intramolecular Vibrational Relaxations on the Nucleation Rates

著者名
谷村志乃夫、泰岡顕治、戎崎俊一
掲載誌名
誌名Journal of Chemical Physics 開始ページ4492-4497 (出版年(月日)1998年09月)
共著区分
共著
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
査読有無
有り