Presentations

We presented a result of coarse-grained Molecular Dynamics simulation of filled polymer melts with Sulfur-crosslink under deformation based on the Kremer-Grest Model. Because all polymer chains are connected to one network gel, the size of simulation box under periodic boundary conditions (PBC) is set to about 33nm. We put 4 fillers, 80 polymer chains of 1024 particles, and many crosslink into the PBC box. One filler consists of 1280 particles of the C1280 fullerene structure. A repulsive force from the center of the filler is applied to the particles of C1280 in order to make a sphere whose diameter is about 15nm. Some patterns of distribution of the fillers are examined. The stress-strain curves estimated by applying a deformation to the system in simulations qualitatively agree with those in experiments.

30nsの水中のヒトリゾチームの定温全原子分子動力学シミュレーションを行い、そのデータに対して主成分分析と緩和モード解析を行い、双方の解析結果を比較検討し、それぞれの方法の特徴を明らかにした。

5残基からなるペプチドであるエンケファリンの真空中のモンテカルロシミュレーションを行い、その結果に対して主成分分析と緩和モード解析を行った。いくつかの主成分、緩和モードの値に対して自由エネルギー曲面を計算し、最安定状態，準安定状態間の遷移について調べた。

30nsの水中のヒトリゾチームの定温全原子分子動力学シミュレーションを行い、そのデータに対して主成分分析と緩和モード解析を行い、双方の解析結果を比較検討し、それぞれの方法の特徴を明らかにした。解析の際、主鎖の代表的なCα原子のみを用いることで構造の粗視化を行った。

環状高分子メルト中の1本の環状高分子の挙動を解明するために、固定された障害物中の1本の環状高分子のシミュレーションを行い、特徴的な振る舞いについての検討を行う。線状高分子鎖メルト中の1本の高分子鎖と固定された障害物中の1本の高分子鎖の対応関係を念頭に、環状高分子メルト中の１本の環状高分子と固定された障害物中の1本の環状高分子の対応関係を調べる。